يعد المسجد الكبير أكبر مساجد مدينة خانيونس وأقدمها في قطاع غزة، حيث تم تشييده عام 1347هـ/ 1928م، أي قبل احتلال الكيان الإسرائيلي وإعلان قيام دولته بعشرين عاماً.

ونسفت قوات الاحتلال الحاقدة المسجد الكبير وسط خانيونس قبل عدة أشهر خلال اجتياحها المدينة في عدوانها المستمر منذ 11 شهراً على القطاع، دمرت خلالها 610 مساجد بشكل كلي، و214 مسجداً بشكل جزئي.

ويمثل المسجد الكبير أهم معالم خانيونس التي شهدت حجارته ومئذنته التاريخ الفلسطيني وتقلباته السياسية منذ عام 1928، وتمت توسعته وبناء مئذنة له عام 1373هـ/ 1954م، حيث شُكلت لجنة لدعم بناء المسجد من مجموعة من وجهاء مدينة خان يونس.

ويقع المسجد في مركز المدينة ويؤمه آلاف المصلين الذين يأتون إليه من مختلف المناطق، سعياً للأجر وتعلقاً بصوت إمامه الذي تتعلق به القلوب خاشعةً لله مطمئنة.

وكان أهل خان يونس يصلون في المسجد الوحيد في خان يونس، الكائن في قلعة برقوق، وهو مسجد صغير بني عندما بنيت القلعة، واستمر الحال كذلك حتى عام 1347هـ، ثم تمت إعادة بناء المسجد الكبير بتصميم المهندس وليد أبو شعبان، وتم افتتاحه يوم الاثنين الموافق 13/3/2017.

مساحة المسجد حوالي 3300 متر مربع، ويتكون من مكان مغلق يسمى بصحن المسجد وتبلغ مساحته حوالي 900 متر مربع، وفي الخارج ساحة المسجد منها ما هو مسقوف بسقف ويقع على جانبي صحن المسجد وعلي امتداد طول المسجد ويبدأ كل من هاتين المساحتين بمدخل من مداخل المسجد حيث تنتهي إحداهن بالمتوضأ وتنتهي الأخرى بمكتبة المسجد وكل واحدة بمساحة 500 متر مربع تقريبًا.

وفي وسط المسجد هناك ساحة غير مسقوفة كانت تحتوي على نخلة قديمة وقد تم إزالتها مؤخراً، وهذه المساحة تبلغ تقريبًا 600 متر مربع، كما يوجد عند أول مدخل شرقي للمسجد غرفة لتحفيظ القرآن بمساحة 65 متر مربع تقريبًا، وينتهي المدخل الشرقي الآخر بمكتبة مساحتها 65 متراً مربعاً، وبجوارها غرفة للجنة زكاة البلد بنفس المساحة، وعلى جانبها مساحة صغير بمساحة 50 متراً مربعاً تقريباً، والمتوضأ بمساحة 60 متراً مربعاً تقريبًا.

وكانت قناة الجزيرة بثت أمس الأحد، مشاهد حصرية التقطت بكاميرات جنود إسرائيليين ومسيّرات، وتُظهر انتهاكات بحق مساجد في غزة.

كما تُظهر الصور اقتحام جنود إسرائيليين مسجد بني صالح شمال غزة وإحراق جميع المصاحف داخله، كما تبين الصور نسف الاحتلال المسجد الكبير في مدينة خان يونس، وهو أحد أقدم مساجد قطاع غزة.

وتشير الصور إلى أن "إسرائيل" استهدفت مساجد قطاع غزة كلها إما قصفا أو نسفا، خلال 11 شهرا مرت على عدوانها على غزة.