انتقد الرئيس الفلسطيني محمود عباس منفذي عملية الخليل، وقال إن السلطة الفلسطينية تنسق مع الكيان الإسرائيلي من أجل الوصول إلى المستوطنين المفقودين. وقال عباس في كلمة له خلال اجتماع وزراء خارجية منظمة التعاون الإسلامي في جدة الأربعاء إن من قام بخطف المستوطنين يريد أن يدمر السلطة، مؤكداً أنها سيكون لها حديث أخر معه أي كان. وأضاف " المستوطنون المفقودون في الضفة بشر مثلنا وعلينا البحث عنهم وإعادتهم إلى عائلاتهم، ومن قام بهذا العمل يريد تدميرنا, ولذلك سيكون لنا موقف منه مهما كان لأننا لا نستطيع مواجهة إسرائيل عسكريا". ودافع عباس عن التنسيق الأمني مع الكيان الإسرائيلي، وقال إنه من مصلحة السلطة لكي تحمي الشعب الفلسطيني، وقال :" هذا ليس عاراً وإنما واقع نحن نلتزم به، كما تلتزم به حكومة الوفاق الوطني". وشدد على أن حكومة الوفاق تؤمن بالمقاومة السلمية الشعبية، وأنها لا تتدخل في المفاوضات والشئون السياسية، ولكن برنامجها هو برنامج منظمة التحرير.